叙自叙凡例医学集成卷一阴阳诸论天地阴阳人身阴阳病有阴阳药有阴阳阴虚证论阳虚证论先天解说后天解说丹田解说五行生克五脏六腑脏腑表里脏腑所属足六经辨手六经辨十二经络寸关尺解六部脉解脉定至数脉定权衡浮沉统属（
序一序二卷上例言卷上杂症中风章伤风章中寒章暑病章注夏章湿症章火症章内伤章伤食章六郁章气病章痰病章咳嗽章干咳喘病章哮病章疟病章霍乱章泄泻章痢疾章呃逆章卷中杂症痞块积聚章呕吐恶心章噎膈反胃章吞酸吐酸章水肿
养生三要
痎疟论疏
简介大小诸证方论序秘传小儿科方论秘传杂症方论
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
序饮食色欲箴序阳有余阴不足论治病必求其本论涩脉论养老论慈幼论夏月伏阴在内论豆疮陈氏方论痛风论疟论病邪虽实胃气伤者勿使攻击论治病先观形色然后察脉问证论大病不守禁忌论虚病痰病有似邪祟论面鼻得冷则黑论胎自堕
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一