卷一第一证 伤寒脉证总论歌第二证 伤寒病证总类歌第三证 表证歌第四证 里证歌第五证 表里寒热歌第六证 表里虚实歌第七证 急救表里歌第八证 无表里证歌第九证 表里水歌第十证 表里两证俱见歌第十一证 三阴
卷上伤风伤寒中暑中湿风寒俱中内外伤寒一切汗候传染表证里证表里证汗后不解下后不解在上涌之在下泄之合病两感病头疼身疼腹胀满痛往来寒热潮热自汗自利并误下小便不利呕吐吐泻喘嗽渴烦躁懊虚烦不得眠留饮痞结胸血证谵
医巫闾子医贯序卷之一玄元肤论内经十二官论阴阳论五行论论五行各有五卷之二主客辨疑中风论王安道中风辨口眼 斜厥伤寒论温病论郁病论卷之三绛雪丹书血症论附方卷之四先天要论（上）八味丸方张仲景八味丸用泽泻论水火
析骨分经
伤寒论注释
一画二画三画四画五画六画七画八画九画十画十一画十二画十三画十四画十五画以上
序医治整理补接次第口诀又治伤损方论
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
疔毒血痣骨槽风舌菌牙菌牙岩舌岩舌疳锁喉毒盘槽痈对口瘰失荣乳岩井疽蔽骨疽石疽疵疽附骨疽串臂漏肛漏肝痈附论肺痈漫心痈马刀肾俞发少腹痈缩脚痈流注肾岩脱囊伏兔痈眼胞痰瘤脾肚发肠覃胃脘痈舌根痈鹤膝风附论麻风论鸡
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一