一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
十剂表
重订产孕集
正文太虚理气天地阴阳歌五行质气生克制化歌运气合脏腑十二经络歌主运歌主气歌客运歌客气司天在泉间气歌运气分主节令歌五音主客太少相生歌五运齐化兼化六气正化对化歌六十年运气上下相临歌起主客定位指掌歌天符太乙天
序一序二序三序四卷一（礼集）正医法反医法顺医法逆医法内治法外治法完治法碎治法大治法小治法偏治法全治法生治法死治法卷二（乐集）上治法中治法下治法先治法后治法急治法缓治法本治法末治法不内外治法阴治法阳治法
神农本草经赞
湿热病篇
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
伤寒医鉴论脉证论六经传受论汗下论阳厥极深论湿热发黄论不得眠论呕吐论湿热下利论霍乱论好用寒药论小儿疮疹
序卷一跌打损伤小引看伤有治无治之论秘传下手口诀治周身口诀损伤秘传口诀秘传接骨口诀效方开后秘传要旨总论秘传损方药名十二咏卷二总论卷三跌打水药歌观音针（一点一针）雷火针九龙针太乙救苦针又麻药方附录经验杂方