凡例八则卷一总论脉学源流定脉部位尺寸解六部脉解左心膻中肝胆肾小肠、右肺胸中脾胃命大肠·辨定至数二十七脉名目有胃气者生脉贵有神读缓字法四时平脉浮、沉、迟、数四大纲浮沉迟数对待总论微与细对微细虚与实对虚实
养性延命录教诫篇第一食诫篇第二杂诫忌禳害祈善篇第三服气疗病篇第四导引按摩篇第五御女损益篇第六西山群仙会真记序识道识法识人识时识物养生养形养气养心养寿补内补气补精补益补损真水火真龙虎真丹药真铅汞真阴阳炼
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
巢氏诸病源候总论
医经读
序卷一风温温疫卷二暑温伏暑温毒湿温冬温卷三中风少阳螈肝风肝厥胁痛肝痈癫狂虚劳吐血便血肿胀单腹胀滞下（俗名痢疾，又曰积。红色属热，属血，白色属寒、属气。）积聚淋浊泄泻卷四痘症噎呕吐反胃哕失音水气寒湿痹风
简介序卷一·温热论·续医案卷二·公选良方内外科卷三·公选良方卷四·公选良方
赵叙题词弁言苦口婆心语论湿温证用药之误麻证喉痛以喉证治之必死说附录天保采薇汤方急慢惊风辨产前以攻病为安胎说产后以甘温退虚热说为虚弱人及幼孩治实证遇当用克伐之药者宜早宜重说小儿难治之症有四说夹阴证邪说害
《汤液本草》序一《汤液本草》序二《汤液本草》后序卷之一五脏苦欲补泻药味脏腑泻火药东垣先生药类法象用药法象药性要旨气味浓薄寒热阴阳升降图（缺）升降者天地之气交用药升降浮沉补泻法五味所用药类法象标本阴阳论
订正仲景全书伤寒杂病论 原序订正仲景全书伤寒论注辨太阳病脉证并治上篇桂枝汤方桂枝加附子汤方白虎加人参汤方调胃承气汤方五苓散方麻黄杏仁甘草石膏汤方十枣汤方桂枝人参汤方葛根黄芩黄连汤方桂枝去芍药汤方桂枝去