卷一/太阳篇上辨列太阳条例大意太阳正治法第一太阳病脉证三条桂枝汤脉证七条桂枝汤禁三条麻黄汤脉证七条合病证治六条辨伤寒受病阴阳不同一条太阳病愈时日及欲解之候与传经之证六条太阳权变法第二不可发汗例十条桂枝
序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
伤寒论类方
叙静功静功妙药醒语静功妙药八懿静功妙药前珍静功妙药九种闭息导引八段锦八段锦诗十六字三字六字十二字七返九还袁了凡静功诀纪验纪验二刻
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
叙凡例女科指掌赋妇人三十六病带下白浊白淫经候总论经水愆期经病疼痛经病发热崩漏经闭梦与鬼交积聚瘕肠覃石瘕脏躁悲伤咽中如炙脬转阴中诸病带下方调经方经病疼痛方经病发热方崩漏方经闭方积聚瘕方胎前用药大法胎前有
徐序自序凡例卷之一提纲门中风似中风伤风中寒暑症湿症燥症火症卷之二内因门气症血症痰症饮症伤食伤酒郁症脾胃劳倦虚损痨瘵虫病卷之三外体门发热恶寒汗病疟疾斑疹黄病水肿破伤风疠风痹症痛风麻木病卷之四上窍门眩晕头
序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十附录附录